Podstawą do przeprowadzania kontroli realizacji umów o udzielanie świadczeń opieki zdrowotnej oraz kontroli aptek są:
- art. 64 ust. 1 oraz art. 107 ust. 5 pkt 13 - dla kontroli świadczeniodawców,
- art. 62 pkt 2 i 3 oraz art. 107 ust. 5 pkt 13 w związku z art. 63b i art. 189 - dla kontroli aptek
ustawy z dnia 27 sierpnia 2004 r. o świadczeniach opieki zdrowotnej finansowanych ze środków publicznych (Dz. U. z 2008 r. Nr 164, poz. 1027, z późn. zm.)
Rozporządzenie Ministra Zdrowia z dnia 15 grudnia 2004 r. w sprawie określenia szczegółowego sposobu i trybu przeprowadzania kontroli przez podmiot zobowiązany do finansowania świadczeń opieki zdrowotnej ze środków publicznych (Dz. U. Nr 274, poz. 2723).
Zarządzenie nr 23/2009/DSOZ Prezesa Narodowego Funduszu Zdrowia z dnia 13 maja 2009 r. sprawie planowania, przygotowania i prowadzenia postępowania kontrolnego oraz realizacji wyników kontroli wydana na podstawie art. 102 ww. ustawy (z późniejszymi zmianami).
Na podstawie § 28 ust. 3 i § 29 ust. 5 i 6 załącznika do rozporządzenia Ministra Zdrowia z dnia 6 maja 2008 r. w sprawie ogólnych warunków umów o udzielanie świadczeń opieki zdrowotnej, ma prawo potrącenia należności wraz z ustawowymi odsetkami za zwłokę od dnia wymagalności do dnia zapłaty, z przysługujących podmiotowi bieżących należności lub wszczęcia innych działań zgodnie z procedurą windykacji należności NFZ.
